Neste trabalho, realizado a partir de um estudo de caso, avaliamos a Agência Reguladora de Saneamento e Energia do Estado de São Paulo (ARSESP) enquanto autarquia de regime especial, analisando sua evolução institucional e sua autonomia. Para isso, apresentamos uma contextualização sobre a reforma da gestão pública e a criação das agências reguladoras no Brasil, destacando referências nacionais nas esferas federal e estadual. A partir dessas bases, analisamos as inovações deste modelo, em especial a independência decisória, a flexibilidade administrativa e a autonomia de gestão, bem como identificamos obstáculos na concretização desta autonomia prevista em lei. Em especial, estudamos o impacto da vacância em cargos de diretoria da ARSESP, o contingenciamento orçamentário, a relação com a assessoria jurídica da Procuradoria Geral do Estado e as vantagens da multissetorialidade desta Agência. Verificamos que os problemas relatados não são passíveis de solução considerando apenas a ARSESP de forma isolada, mas dependem, ainda, de mudanças sistêmicas na legislação que regulamenta a Administração Pública no Brasil, em especial no tocante às necessárias reformas no modelo de compras, licitações e contratos públicos, no regime jurídico único dos servidores públicos e na execução orçamentária com reflexos nos limites impostos pela responsabilidade fiscal. Por fim, verificamos, ainda, que o fortalecimento da autonomia da Agência depende, também, de um entendimento sobre a importância política da regulação independente e do fundamental papel de controle exercido pelas agências reguladoras.