Partindo do pressuposto de que instituições, organizações e arranjos institucionais são fundamentais para que o Estado possa construir e operacionalizar a sua agenda de políticas públicas, este artigo pretende discutir o protagonismo das instituições de pesquisa na formulação e aprimoramento das políticas públicas, destacando a relevância estratégica dos arranjos intitucionais para as ações de cooperação e parcerias. Com esta finalidade, apresentamos o estudo de caso abordado na dissertação deste Mestrado, “O Sistema Nacional de Pesquisa Agropecuária: proposta de implementação para um novo modelo de gestão e governança”, como exemplo de uma estratégia capaz de organizar e fortalecer a relação da pesquisa agropecuária com as políticas públicas. A formulação e implementação da Política Pública “Plano Setorial de Mitigação e de Adaptação às Mudanças Climáticas para a Consolidação de uma Economia de Baixa Emissão de Carbono na Agricultura",– Plano ABC são apresentadas como modelo desta relação da ciência com políticas públicas.