O debate contemporâneo acerca das instituições judiciais tem produzido uma polarização em torno do problema da autonomia, ora encarando-a como algo insuficiente às necessidades da independência judicial, ora como excessiva e deletéria à legitimidade democrática das instituições sem, contudo, explicar as conexões entre autonomia e os resultados observados. Partindo da teoria organizacional e do debate sobre agências, enquadra-se a autonomia como um fenômeno multidimensional, no qual a combinação de poderes decisórios e instrumentos de controle se distribuem frequentemente de maneira heterogênea. A análise terá como referência empírica a Justiça Federal da 3ª Região (JF3R), em São Paulo. Combinando análise documental, dados governamentais e entrevistas, elabora-se uma descrição densa do funcionamento do Tribunal, identificando a posição dos poderes decisórios e dos instrumentos de controle nas duas instâncias e na sua relação com o Conselho Federal da Justiça e o Poder Executivo. Dessa forma, pretende ilustrar como a interação entre as dimensões pode produzir simultaneamente controle e autonomia e realçar as potencialidades de estudos comparados para se identificar tipos de controles e seus possíveis efeitos no funcionamento das organizações.