Os programas de inovação aberta são arranjos cooperativos que integram diferentes atores e competências complementares, constituindo-se atualmente como os principais ambientes de desenvolvimento dos processos de inovação. O setor público tem um papel estratégico de fomento à inovação, pela governança e regulação do ecossistema de inovação e promoção de políticas e programas no setor. A área da saúde, intensiva em pesquisa e desenvolvimento, é uma das mais promissoras para o desenvolvimento de inovações, possibilitando a ampliação do acesso e a melhoria da qualidade dos serviços prestados. Nesse contexto, este trabalho tem como objeto de análise o Programa Residência Maker da Prefeitura de São Paulo, que objetiva selecionar projetos inovadores que contribuam para a resolução de problemas complexos de saúde. Este trabalho explorou programas de inovação aberta brasileiros e internacionais para identificar elementos estratégicos que possam subsidiar aperfeiçoamentos para esta política pública. Os resultados apontam que o pioneirismo do programa demanda uma articulação mais aguda dos promotores com os atores-chave do ecossistema de inovação para que os empreendedores selecionados possam superar os desafios típicos desta etapa e deste setor e contribuir efetivamente para o enfrentamento dos problemas complexos de saúde.