[INTRODUÇÃO] A presente pesquisa analisa como ocorre, na prática, a integração dos saberes tradicionais e os chamados “saberes científicos” dentro das políticas implementadas pelo governo federal, analisando projetos e políticas na área da saúde indígena para redução das vulnerabilidades das comunidades beneficiadas. A partir disso, foram analisados os desafios na formulação e implementação das políticas federais e locais de saúde indígena e a identificação de boas práticas de integração de saberes tradicionais com “saberes científicos” no âmbito federal e local. A partir da análise da literatura existente, realizamos um estudo de casos múltiplos, com três experiências em diferentes estados brasileiros – Amazonas, Mato Grosso do Sul e Paraíba. [METODOLOGIA] A coleta de dados foi feita através de análise documental sobre os programas e entrevistas semi-estruturadas com lideranças indígenas e atores públicos que atuam nestes programas. [RESULTADOS] Como resultado, foi possível perceber que apesar da intenção positiva de se criar uma política especial para os povos indígenas, há ainda muitos gargalos encontrados no caminho, como falhas organizacionais dos DSEIs, ineficiência do controle social proposto, o olhar cético para as práticas tradicionais e a acentuação do descaso governamental durante o período da pandemia. [CONCLUSÃO] Concluímos que há a necessidade de reformas e avaliações quantitativas e qualitativas da Política Nacional de Atenção à Saúde dos Povos Indígenas, com o objetivo de reduzir essas falhas e implementar uma política mais eficiente. Para isso, demanda-se uma transformação na forma que o Estado e sociedade olham para os povos indígenas e a cultura tradicional, inserindo esses últimos no mundo acadêmico ou como profissionais de saúde dentro do subsistema indígena.